Funes berkahwin dengan Dr Vanda Pignato yang aktif dalam Parti Buruh Brazil. Mereka mempunyai anak lelaki, Jibrail. Funes menerima diploma Sekolah Tinggi (Bachillerato) daripada Externado San José dan kemudian meneruskan jurusan kesusasteraan di Universidad Centroamericana "José Simeón Cañsebagai" (UCA) di San Salvador. Pada 1994 dia dianugerahkan Maria Moors Cabot Prize daripada Universiti Columbia kerana meningkatkan kebebasan akhbar dan pemahaman inter-Amerika.

Abang Funes terbunuh semasa Perang Saudara San Salvador.Anak lelaki tertuanya, Alejandro Funes Velasco, (27 tahun) mati selepas diserang penjenayah Morocco di Paris, Perancis, ketika belajar fotografi.